Las raíces históricas del Museo Nacional de Dinamarca se retrotraen al Real Gabinete de Curiosidades creado por el rey Federico III hacia el año 1650. La vasta colección de rarezas incluía obras de arte y piezas de artesanía, pinturas, armas, objetos etnográficos y arqueológicos. Posteriormente se le añadió el Gabinete de Curiosidades Gottorp y más tarde, la Real Colección de Monedas y Medallas del castillo de Rosenborg que actualmente es un departamento del museo.
Otra parte importante de las colecciones del museo está históricamente vinculada a la fundación en 1807 de la Real Comisión para la Conservación de Antigüedades. La comisión, y su secretario Christian Jürgensen Thomsen, formaron una colección de antigüedades nórdicas que, con el nombre de Museo de Antigüedades Nórdicas se abrió al público en 1819 en el ático de la iglesia Trinitatis de Copenhague. Thomsen fue la principal fuerza creadora del museo que actualmente conocemos por el nombre de Museo Nacional de Dinamarca. Su afán por ordenar las colecciones –catalogando los objetos con arreglo a su fecha según la edad de Piedra, Bronce o Hierro– fue una gran contribución para la ulterior investigación arqueológica.
En 1832 los objetos arqueológicos fueron trasladados a unas instalaciones mejores y más amplias en el palacio Christianborg, y, años más tarde, Thomsen fue nombrado encargado de las colecciones del Real Gabinete de Curiosidades que había sido cerrado en 1825. En 1849, se aprobó la primera constitución danesa que estableció la separación de las propiedades del rey y las del estado. En el marco de la inaugurada democracia danesa, las colecciones del estado serían ubicadas en el palacio del Príncipe. Finalmente, en la década de 1850 todas las colecciones fueron trasladadas a este palacio que sigue siendo el principal referente del museo en Copenhague. En 1892 se unificaron las colecciones bajo la rúbrica de Museo Nacional.
En la actualidad, el Museo Nacional es el mayor de Dinamarca y alberga un fondo de millones de objetos de todos los períodos históricos. El museo principal es aún el palacio del Príncipe en el centro de Copenhague, pero ahora el museo gestiona más de 20 espacios de exposición en toda Dinamarca. El trabajo del museo abarca la investigación, las publicaciones y los programas educativos, a la par que la colección, el registro y la conservación orientados a sus propios proyectos, a proyectos locales, nacionales y a colaboraciones internacionales.
En la actualidad, el trabajo y el perfil del Museo Nacional de Dinamarca corre a cargo de su Director General Per Kristian Madsen.
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